尽管如此，舒马赫还是接着上个赛季的胜势横扫千军，最后以102分，领先第二名希尔33分的优势再次获得年度总冠军。
当舒马赫决定1996赛季离开贝纳通车队，转投法拉利车队时，几乎所有人都认为舒马赫作出了一个错误的决定。法拉利车队虽然过去也曾辉煌过，但毕竟那是十几年前的旧事了，进入90年代以来，法拉利车队的历史记录来看，年轻车手在法拉利车队总是很难取得成功，27岁的舒马赫在F1赛车界也还算是年轻人，他能改写法拉利车队的历史么？
尽管舒马赫1996赛季十分努力，但法拉利赛车多年来沉积下来的弊病还是拖了他的后腿。全年16站赛事，舒马赫的法拉利赛车有6次因为各类故障而趴了窝，身为卫冕冠军。舒马赫个能眼睁睁地看着昔日的夙敌希尔以97分夺走车手总冠军。
肩负着振兴法拉利车队和意大利赛车的重任，舒马赫在为法利车队效力的第二个赛季里表现得十分出色，个是他的竞争对手已经不是和他争了两年的英国人希尔，而是变成了赛车名门之后，威廉姆斯车队的加拿大车手维伦纽夫。这一年，舒马赫和维伦纽夫斗得难解难分，直到最后西班牙站的比赛时，舒马赫在车手积分榜上仅以78分领先维伦纽夫1分，最后的冠军争夺进入了白热化。
在最后一站西班牙杰雷兹赛道的比赛中，舒马赫在开始领先的情况下，赛车在第48圈时突然发生故障，紧随其后的维伦纽夫想趁机在弯道超车，不料舒马赫像1994年最后一站对付希尔那样，把车头一拐，想把维伦纽夫的赛车撞出赛道，但这次舒马赫没能象当年月日样保住领先一分的优势，维伦纽夫的赛车与舒马赫发生碰撞后还是带伤完成了全程，而舒马赫的赛车却被撞出赛道，不得不退出比赛。事后，国际汽联判定舒马赫有"不君子行为"，决定剥夺他车手榜亚军的荣誉。
辛苦了一年，到头来却什么也没得到，舒马赫感到十分恼火，但更让他伤心的是他的祖国德国，新闻界对他的遭遇不仅没有表示丝毫的同情，而且幸灾乐祸地说"舒马赫的退出是对他不君子行为的最好惩罚"。反而是意大利人给舒马赫以极大的安慰。意大利总理夫人说："今年，法拉利车队夺得了车队和车手两项亚军，这也是一个很不错的成绩。"
幸好国际汽联没有对舒马赫追加处罚，使得他可以完整地参加1998新赛季的比赛。本来，舒马赫想趁着维伦纽夫从威廉姆斯车队改换门庭到英美车队的机会重温世界冠军的滋味，但不曾想，改进了技术的麦克拉伦车队突然杀了出来，其麾下的两名车手芬兰人哈基宁和英国的库尔特哈德配合默契，一直把舒马赫压在后面。虽然舒马赫与哈基宁力拼到最后一站，但幸运之神还是再一次抛弃了舒马赫和他的法拉利队。舒马赫以14分之差名列车手榜第二位，法拉利队再次夺得车队积分榜亚军。
