于是，利三郎同意丰田喜一郎于1937年8月27日另立门户成立“丰田汽车工业株式会社”，地址在爱知县举田町，创业资金为1200万日元，拥有职员300多人。丰田汽车公司刚刚成立，马上就遇上了一场几乎使其倒闭的危机。当时，席卷资本主义世界经济危机强烈地冲击着日本经济，尽管总厂的兴建，设备的引进、原材料的采购等急需大量的资金，但市面上银根奇缺，借贷无门，而此时初期的投资已经消耗殆尽，公司已经到了山穷水尽的地步。此时侵华战争爆发了，丰田公司与其他许多生产厂家一道被纳入了战时军需工业品的生产轨道，陆军将其所有库存货车一次购光，这才使其摆脱了危机。
丰田喜一郎颇有战略家的眼光，他自一开始组织汽车生产就注意到了从基础工业入手着眼于整体素质的提高，使材料工业、机械制造、汽车零部件业与汽车工业同步发展，为汽车的大批量创造了必要的条件，因此，日本人称他是“日本大批量汽车生产之父”。他十分清楚，汽车生产所涉及到的相关产业较多，它们的发展水平直接影响着汽车的质量，其中以材料和机器制造两个行业的影响最大。这一点，早在试制发动机时，他就有所体会了：利用美国进口的钢生产齿轮，每天可以比较轻松地生产30件；而用日本自己生产的钢生产齿轮，每天则只能生产12件。如果想为提高产量而增加机床转速，又会损坏机器夹具。为增加产量，只有添加设备、多雇职员，但这样又提高了汽车的生产成本。为解决此矛盾，他一面向日本政府提出发展材料和机器制造两个行业的建议，一面在自己的公司里着手开发炼钢和机器制造。
丰田喜一郎对汽车工业的另一项重大贡献在对生产体现生产过程的科学管理方面。为了确保产品质量，实现大批量生产，他在自己的企业中进行了一系列试点。首先，他将全公司的工厂结构进行了调整：将新川工厂改为爱知钢铁公司；将机床生产部必为丰田机械公司；将新川工厂改为爱新精密机械公司；将车身部改为丰田车身公司；将电气安装部改为日本电气安装公司。经过调整公司实现了自身结构的专业化、合理化、科学化，从而改变了大一统的混乱生产格局，使公司的专业化程度、管理水平、技术水平、生产能力都有了大幅度提高。其次，他将工厂内部的生产结构进行了调整，使其适合于专业化生产。他以汽车总装厂为中心，把社会上零散的零部件厂组织起来，有计划地把自己的生产需要同他们的技术结合起来，利用外部订货的方法，实行零部件生产的扩散。他将组装汽车所用到的所有零部件分为内制品和外购品两大类，其中，内制品又分为内部制造件（技术难度大，进货价格高者）和准内部制造件，外购品分为一般外部订货（一般商务就可生产）、特殊订货（需要给予技术指导或需要使用特殊设备的零部件）、专门订货（只有使用专门设备才能加工的零部件）三种。再次，他创出了后来风靡全球的"丰田生产方式"。按照传统做法，汽车生产从铸件一半成品都要先入库，需要时再取货、加工，加工好的零部件每天也要依工厂生产需要办理入库、出库。按照这一程序动作，无形之中加大了库存。丰田喜一郎的创新之处在于将传统的整批生产方式改为弹性生产方式。按照他的模式组织生产，工人和工厂都可得到好处：工人"每天只做必要的工作量"即可，早做完者早下班，做不完者可加班；工厂无需设置存货仓库，无需占用大量周转资金，许多外购零部件在付款之前就已被装车卖出了。他为推广这一生产方式而喊出的"恰好赶上"口号，经后来的公司副总裁大野耐一进一步发展之后，成为完善的"丰田生产方式"。今天，"丰田生产方式"已超越国别、行业而成为世界许多国家争相学习的先进经验。
